Olá pessoal!
Os plugins/add-ons/Apps do Jira gravam dados em tabelas do tipo Active Objects (AO). Mesmo o Jira Software (antigo GreenHopper) e o Service Desk — que nasceram como add-ons — gravam seus dados nessas tabelas.
Pra facilitar o troubleshooting, um colega nosso aqui do Atlassian Support compilou essa relação dos principais Apps e as respectivas tabelas AO que utilizam!
Lembrando que se você puder resolver/contornar um problema sem precisar manipular dados no banco de dados, não manipule. ;)
Mas se precisar, faça backup de tudo antes.