アトラシアンの向井と申します。
working tree clean
のメッセージは、既にすべてのファイルがコミットされており、他にコミット対象のファイルが存在しない場合に発生します。弊社外の方の記事となりますが、 https://www.sejuku.net/blog/71857に解説がありましたのでご参照ください。
対象のファイルが正しくgitリポジトリの作業ディレクトリに含まれているか、もしくは .gitignoreのトラッキング除外ファイルに指定されていないかご確認いただけますでしょうか。
また、Gitに関しては多数の書籍が出版されておりますので、例えばAmazon.co.jpでの「コンピュータ・IT」「Git」の検索結果等よりご要望にあいそうなものをご選択ください。
もしくは Git公式サイトの解説 も参考になるかと思います。 また、弊社でも Gitを学ぶ - Git のチュートリアル、ワークフローおよびコマンド というチュートリアルサイトをご用意しておりますので、もしよろしけばご参照ください。
以上よろしくお願いいたします。
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